继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：莱丝利·曼维尔 蒂姆·迈克穆兰 康勒斯·希尔 迈克尔·马罗尼 亚历山德罗斯·洛戈蒂斯 克莱尔·拉什布鲁克 丹尼尔·梅斯 马修·比尔德 罗肯·克兰尼奇 多萝西·阿特金森 皮帕·海伍德 内森·克拉克 哈利·劳蒂 尼娅·迪肯 凯伦·韦斯特伍德 伊恩·劳埃德·安德森 乔尔·伯克特 裘德·希尔 楚库玛·奥曼巴拉 丹妮尔·瑞恩 保罗·泰来克 卡尔·柯林斯 桑吉弗·科赫利 娜塔丽·阿明 菲娜·奥鲁赫 詹姆斯·弗林 贝弗莉·朗赫斯特 布赖恩·罗杰 苏塔拉·盖尔 凯特·吉尔摩
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